故事的舞台是互联网系统兴旺的都市「DEN CITY」。在那里有经由巨型企业「SOL技术社」经过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了应用决斗来停止黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目的是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”消灭。但是在世界遭到这样的要挟时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。在那场传奇的战役中，「Playmaker」运用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕捉了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI顺序。一度挽救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。而如今，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻觅过去发作的某件事情的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击......  以此为契机，命运的齿轮就此转动……迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相究竟是———一切的答案，都在「Link Vrains」中